《超級瑪利歐兄弟電影版》有兩個片尾彩蛋，第一個彩蛋緊接著結局後第一段字幕，第二個彩蛋則是要等到所有字幕跑完才會出現。這兩個片尾彩蛋，也意味著瑪利歐、路易吉兄弟兩兄弟在蘑菇王國的故事還未結束，未來還有新的挑戰和冒險旅程等著他們。由照明娛樂和任天堂共同製作的《超級瑪利歐兄弟電影版》（港譯「超級瑪利歐兄弟大電影」），首集成績不差，續集開發可期。
接著愛德華下面《超級瑪利歐兄弟電影版》片尾彩蛋及結局解析，會有劇透，如未觀影，請自行斟酌。
片尾彩蛋1：庫巴深愛著碧姬公主
《超級瑪利歐兄弟電影版》結局，庫巴大軍要摧毀磨菇王國，放出武器炮彈刺客。瑪利歐將炮彈刺客引進下水管道中爆炸，導致蘑菇王國，包括瑪利歐、庫巴、碧姬公主等人都被傳送到布魯克林。
瑪利歐（克里斯普瑞特聲演）和路易吉（查理戴聲演）在碧姬公主助攻下，利用庫巴的「無敵星星」變身無敵，打敗了庫巴軍團。碧姬公主（安雅泰勒喬伊聲演）將迷你蘑菇餵給庫巴（Bowser），庫巴被縮小關進玻璃瓶。而瑪利歐和路易吉拯救了這次危機，成了布魯克林英雄，最後決定到蘑菇王國定居。
片尾第一個彩蛋，可以說是連續著結局，庫巴困在玻璃瓶的籠中世界。庫巴彈著鋼琴，自彈自唱情歌《碧姬》（這部電影的聲演，傑克布萊克依舊有絕佳的配音表演），展現著他對碧姬公主的愛意（庫巴真是痴情啊？！），如今他在蘑菇王國裡，關在籠子的世界，依舊對碧姬的真情不變。
片尾彩蛋2：耀西即將登場
片尾第二個彩蛋，在布魯克林下水道的通道，有一顆綠色斑點的蛋，破繭而出，發出聲音。瑪利歐和路易吉最初也是從這裡，被傳送到魔法世界。這個彩蛋的暗示，即是瑪利歐系列一個重要的角色，即將登場的訊息。耀西（Yoshi）誕生了。
耀西最早在1990年的《超級瑪利歐世界》出場，是瑪利歐的騎物和夥伴，「耀西」可以說是一個族群或單一個體的名。
至於耀西是恐龍？從外型來看，真的很像，大部分粉絲和玩家，甚至包括任天堂前社長岩田聰都，都稱耀西為恐龍，不過當初角色的創作設計者手塚卓志，認為他是「烏龜族」的一員。
