《哥吉拉奇異點》結局，神野銘與有川潤兩邊各遇到麻煩，必須趕在破局發生前，阻止這場怪獸暴亂的浩劫。一方由佩羅2號去解信號代碼，一方則是由噴射傑格對抗進化後的哥吉拉。這部動畫影集，到了第13集，才解開首集出現，貫穿全劇的「印度搖籃曲」歌之謎；最後他們如何破解葦原的理論，不讓奇異點生變，阻止哥吉拉為首的怪獸群攻擊？
如果還在猶豫是否要看《哥吉拉奇異點》的讀者，建議可先閱讀愛德華這篇：【劇評】《哥吉拉：奇異點》：評價不佳？科幻難懂不好看？如果看完這部動畫，仍有些疑惑，接下來愛德華提出一些心得和觀點，希望有助於你對這部動畫影集的了解，看懂《哥吉拉奇異點》想要表達的故事意義。
在解析《哥吉拉奇異點》結局前，我們先了解一下整個故事的脈絡，故事從洋房傳出一首歌，有如信號般的傳達開啟，而後引起電波，接著拉頓出場、陸地的怪獸安基拉斯、水上的怪獸曼達接連登場，而深海的哥吉拉也蠢蠢欲動，開始有了紅塵散播的出現。
人類的一方則是在日本舊嗣野地區有個古老的傳說，「當大海被染成紅色之時，終末之獸將會出現。」而管理局地下室則隱藏著祕密，神野銘與有川潤因AI「蜜環菌」彼此有了溝通連結，神野銘的AI演變為佩羅2號，並逐步破解葦原道幸的理論；有川潤的AI榮格，則最後演變為噴射傑格，在日本對抗怪獸的襲擊。
在印度則有「SHIVA」（濕婆）國際聯合公司的組織，正在進行怪獸的相關研究，而公司人員的立場亦有分派，主要是為了掌握未來科技，而這家公司是60多年前葦原道幸創始，並且找到有奇異點的地方，並且有超級計算機以及研究紅塵、破局等怪獸情報資料。
好了，如果清楚這個故事的鋪陳，基本上應該不難懂《哥吉拉奇異點》劇情在說什麼了，接著就是了解「原型」和「紅塵」的用意。其實這個故事帶些人類與怪獸的物種競爭命題，怪獸運用紅塵來進化，所以哥吉拉以紅塵來因應生態圈，成為這個生態的主宰者。至於人類則是從李桂英博士研究的原型材料（葦原的理論表示原型是從奇異點而來），而這個材料有輕巧、韌性、剛性及延展性，可以自我再生，打破能量守恆定律。
等於物種的兩方，各藉由「紅塵」與「原型」來達成一些進化目的，而人類的原型材料似乎並沒有辦法達到如怪獸般可預知未來及快速進化的能力，於是也在加緊蒐集，想從怪獸的紅塵中，探索一些未知的祕密及獲取新科學的技術。就在神野銘逐一解開葦原的理論，發現破局的發生，即人類將會因此有一場浩劫，所以必須阻止哥吉拉再造紅塵，威脅人類的生存。
最後結局，為了阻止哥吉拉、怪獸們不再利用奇異點製造紅塵，方法即在葦原於印度奇異點留下的超級計算機，這台計算機設備是可預見未來的設備，透過原型材料讓時間折射，但需要代碼觸發，同時搭配使用正交對角轉換器，也就是最後佩羅2號與噴射傑格合體才完成。
為何最後會是由兩個AI合體完成，從先前故事的脈絡已知兩個AI本出同門，所以自然會有連結管道，再來為何如此晚結合，並在與哥吉拉大戰的後頭才運用？這應該也跟怪獸能預知未來的能力有關（還記得有川潤與榮格對戰安基拉斯的交手過程嗎？不能讓牠早預測，所以需在其正面近距離發砲），同樣為了不讓哥吉拉再造成更多奇異點的變數，所以一定要在最近的距離當下，讓牠來不及反應。
而正交對角轉換器使用的原型材料發出的藍色結晶，抑制改變了紅塵物質，消滅了怪獸們，全劇最後佩羅2號與噴射傑格合體的一席話，也解了搖籃曲之謎，「我的名字是噴射傑格PP，是佩羅2號與噴射傑格在遙遠未來的後代。早在一開始就知曉一切，但卻想不起來，直到現在這瞬間前，我都一直被壓縮在這首搖籃曲的內部折縫。傳送這首搖籃曲的就是我，以你編寫的協定為藍本，直到成長至能對抗破局前，我在時間洪流中不斷重複著誕生。正交對角轉化的代理，早在一開始就傳遞到了，我就是那個代碼。」
為何會存在這首印度搖籃曲中？因為當初60多年前，葦原道幸因這首歌而找到印度奇異點，並有後來的研究及理論，但擔心太多祕密被發現，有些科技需要再研究，如果冒然全公布，恐會影響世界變局，所以一直封存在這首歌的檔案裡。（愛德華前面兩段的解析，有讀者傳訊息引述「PTT」網友討論的觀點建議，在此再做個修正解析如下，「噴射傑格PP」是榮格與佩羅2號兩個AI未來的後裔，佩羅2號在濕婆公司超級電腦中，接近破局點時，開船倒回時光的運算找到了答案，再藉由男主角有川潤的要求運算，賦予「讓噴射傑格所向無敵的協定」而產生，這亦是說「印度搖籃曲」是「噴射傑格PP」從未來傳來，而歌曲內存著完成的正交對角器代碼，只是一直無法解出，直到破局前的瞬間。）
至於《哥吉拉奇異點》故事還未完，留有伏筆，在第13集字幕結束後，會有一小段的片尾畫面，想知道這個彩蛋的用意，可繼續閱讀：《哥吉拉：奇異點》片尾彩蛋，透露第二季哪些劇情發展？
