《驚奇隊長》片尾有兩個彩蛋，第一個出現在首段的演員名單之後，約正片結束後兩分鐘即出現；第二個出現的時間則稍微要等久一些，在第二段字幕走完後，約7分鐘才見得到。漫威現在在正片結束後，會直接在字幕秀出還有「兩段精彩片段」的提醒，不用觀眾在費猜疑到底有幾個彩蛋要等，因為欣賞漫威系列電影，在正片結束後，有片尾畫面（即片尾彩蛋，有點成網路約定俗成的通稱了）的期待，早已是例行的觀影模式。
而這次出現的片尾彩蛋，漫威特別安排觀眾所期待《復仇者聯盟：終局之戰》的劇情發展，當然得預告「驚奇隊長」卡蘿丹佛斯會再次回歸，至於第二個彩蛋，其實看起來雖然有點賣萌，其實仍與《雷神索爾》的片尾彩蛋及《復仇者聯盟》有關，所以兩個彩蛋都連結到了「復仇者聯盟」。以下愛德華來解析《驚奇隊長》兩個片尾彩蛋，因涉及部分劇情討論，如未觀影，請自行斟酌閱讀。
片尾彩蛋1：「驚奇隊長」卡蘿丹佛斯現身復仇者聯盟總部
還記得《復仇者聯盟3》片尾彩蛋神盾局長尼克福瑞緊急使用傳送呼叫器，要發給「驚奇隊長」？（《驚奇隊長》這集獨立電影特別用心交待這個傳送器故事的來源，原來 從最早尼克福瑞發訊的BB CALL型式，再讓「驚奇隊長」改良為在緊急時刻，可穿過宇宙星系，兩人通訊的重要工具）
彩蛋一開始，在復仇者聯盟總部內，只見美國隊長與黑寡婦憂心看著因薩諾斯啟動無限手套，全世界失蹤人口不斷攀升的數字，而戰爭機器則進到門內與他們討論起尼克福瑞遺留下來的傳送器，不知在傳輸訊息給誰，而浩克已變回班納博士，也對訊號消息感到困惑，當黑寡婦說出，這訊號應該很重要，希望能有人收到時，突然在她身後，「驚奇隊長」卡蘿丹佛斯現身，並問她福瑞在哪裡？
這個彩蛋無疑已經推進了《復仇者聯盟：終局之戰》驚奇隊長直接現身的劇情，未來應該也會著墨在她與第一代「復仇者聯盟」成員的認識與磨合，到底誰才是領導者呢？從《驚奇隊長》的結局劇情，已很明顯道出「復仇者」名字的由來是與卡蘿丹佛斯在美國空軍服役有關，她才是最早的成員。至於如對《復仇者聯盟4》的劇情發展方向有興趣，可參考閱讀：《復仇者聯盟4》前導預告，透露哪些劇情動向？
片尾彩蛋2：「宇宙魔方」與漫威電影宇宙系列的銜接
《驚奇隊長》最萌的角色，是名為Goose（呆頭鵝）的小橘貓，而這小橘貓可不是一般的寵物貓，牠是最強的喵星人，兇狠的外星物種佛萊肯，劇中還吐出像章魚的八爪，會吞人。而牠把宇宙魔方吞下肚。
在第二個彩蛋中，時間應是接在《驚奇隊長》的發生時間1995年，即尼克福瑞瞎眼的原因揭曉（原來是被Goose的貓爪給抓瞎的），尼克福瑞與考森探員閒聊後，離開辦公桌。而這桌上僅剩尼克福瑞的名字名牌（當然有另一個暗示，即尼克福瑞已消失了），而Goose在這桌上玩吐毛球，結果吐出牠先前吞下的宇宙魔方。
這個彩蛋，看似賣萌，其實是補充說明了「宇宙魔方」在漫威電影宇宙出現的時間。「宇宙魔方」最早現身在漫威電影宇宙是《雷神索爾》（2011年）的片尾，尼克福瑞找艾瑞克博士到神盾局總部，希望他加入，並且展示了永恆能量的寶物「宇宙魔方」，結果洛基以隱形的身形在艾瑞克博士旁，說著這東西值得一看。而後「宇宙魔方」的故事，在《美國隊長》又有歷程說明，到《復仇者聯盟》成了洛基的重要武器之一。
《驚奇隊長》等於交待了「宇宙魔方」從《美國隊長》鋼鐵人父親霍華史塔克在北冰洋的海底打撈上來交給神盾局後，再發生的故事。原來克里人「邁威爾」羅森博士到地球，打造光速引擎，並用了宇宙魔方的空間寶石特點，轉移隱藏了實驗室及保護倖存的史克魯爾人。1995年，卡蘿丹佛斯再找回邁威爾藏的「宇宙魔方」，並交給了尼克福瑞。「宇宙魔方」是《驚奇隊長》的能量來源，如欲了解更多，可閱讀：「宇宙魔方」在《驚奇隊長》的安排，漫威如何串起故事時間線？
漫威電影宇宙這樣一系列故事的經營手法，再次用「無限寶石」串起，如對這些寶石有興趣可閱讀：「無限寶石」如何貫穿漫威電影宇宙？
