《蜘蛛人：穿越新宇宙》沒有片尾彩蛋，但結局已留下續集《蜘蛛人：超越新宇宙》動畫電影的伏筆，未來會呈現蜘蛛人內戰，自己人打自己人？「斑點人」喬納森歐恩攪亂的多重宇宙，邁爾斯摩拉斯觸動了蜘蛛人「正史事件」（Canon Event），身陷危機的他，掉入42號宇宙，「蜘蛛人2099」米蓋爾歐哈拉持續追捕，「女蜘蛛人」關史黛西如何營救？
以下愛德華的《蜘蛛人：穿越新宇宙》結局解析，會有劇透，如未觀影，請自行斟酌閱讀。或可先參閱：
《蜘蛛人：穿越新宇宙》原本有設定片尾彩蛋
導演瓦昆杜斯山托斯在外媒受訪表示，《蜘蛛人：穿越新宇宙》原本有計劃安排片尾精彩片段（片尾彩蛋），如結局時邁爾斯被叔叔亞倫綁在沙袋上，或是關史黛西和彼得B帕克，失意回到各自的世界等片段，但考量保留這些原本結局的某個部分放到片尾彩蛋，反而不如全部成為大結局，即電影最後結局結尾的呈現的效果更理想。
《蜘蛛人：穿越新宇宙》因此成了近期少有超級英雄電影、系列電影沒有片尾彩蛋的設定。
《蜘蛛人：穿越新宇宙》以「正史事件」的伏筆，貫穿系列電影劇情線
《蜘蛛人：新宇宙》並未解釋金霸王打死蜘蛛人彼得帕克，而42號宇宙的蜘蛛咬了邁爾斯的關聯，到了《蜘蛛人：穿越新宇宙》這個答案解答了，原來邁爾斯是「異常者」，他的宇宙是1610號宇宙，而咬傷他的輻射蜘蛛卻來自42號宇宙。
「蜘蛛人2099」米蓋爾歐哈拉的「蜘蛛人聯盟」就是維護多重宇宙的安全，清除「異常者」，因為邁爾斯的蜘蛛人版本出現在不對稱的宇宙，導致該宇宙的彼得帕克犧牲。因為邁爾斯破壞了「正史」，造成多重宇宙的不安。
米蓋爾歐哈拉在電影中即解釋，在每位蜘蛛人的故事中，都有親近蜘蛛人的警長會死亡等「正史事件」發生（即正史故事的時間點，也會啟發主角某個改變的時機，像陶比麥奎爾版，班叔的死，讓蜘蛛人明白「能力越大，責任越大！」的英雄意義），可是如果破壞了正史，就會引發多重宇宙混亂的危機。
「蜘蛛人」邁爾斯摩拉斯認為自己可以打破正史，解救父親安危
邁爾斯摩拉斯在928號宇宙的蜘蛛人聯盟總部，無法接受米蓋爾歐哈拉的要求，想到父親即將在兩日後升任警長，可能在「正史事件」下死亡，於是想趕緊利用宇宙傳送機器逃脫，結果未料「數位蜘蛛人」瑪戈凱斯幫他送傳到的是42號宇宙，而非他出生的1610號宇宙。
邁爾斯回到家中遇見母親，告知自己是蜘蛛人，但母親一臉狐疑，隨後遇到「已故」的叔叔亞倫戴維斯（潛行者），但當發現有異時，已被亞倫戴維斯綑綁在沙袋上，除了發現這個世界，父親已死亡，而這個宇宙的「潛行者」，竟是自己。邁爾斯在這個42號宇宙，是一個反派。
關史黛西號召《蜘蛛人：新宇宙》的隊友，準備前往42號宇宙營救邁爾斯
關史黛西被米蓋爾歐哈拉逐出聯盟，回到65號宇宙，她與父親的關係修補，而父親也決定辭去警察的工作，這時關史黛西想到，原來父親的辭職，有機會避免「正史事件」發生，於是決定支持邁爾斯的想法，並用霍比給的盜版宇宙傳送門手錶來到1610號宇宙。
只是關史黛西很快發現，邁爾斯不在這宇宙，而是陷在另個宇宙，於是她召喚好友，也是《蜘蛛人：新宇宙》的隊友，彼得B帕克、豬豬人、暗影蜘蛛人、潘妮·帕克，以及這集加入的好友帕維特、霍比和瑪戈，一起前往42號宇宙營救邁爾斯。而《蜘蛛人：超越新宇宙》的劇情發展，即會由此展開！
