漫威的電影，不等到片尾演員名單字幕走完，就容易錯過精彩的彩蛋預告。當然熟悉漫威的影迷，這也成了觀影的慣性。這次《奇異博士》的片尾彩蛋，第一個很快就出來，但第二個片尾彩蛋，要有點耐心，差不多要等字幕跑5分鐘，才會出來，如果沒耐心離場，就看不到了。
《奇異博士》是漫威電影宇宙第三階段（未知英雄崛起）系列，第一個登場的超級英雄獨立電影，而電影的彩蛋也有諸多的暗示及未來電影的伏筆。
片尾彩蛋1：雷神索爾到地球找奇異博士
第一個彩蛋，雷神索爾的登場，很有笑果，喝著「奇異博士」不斷加料的無限暢飲啤酒。而雷神索爾的出現，當然是為了2017年11月上映的《雷神索爾3：諸神黃昏》做劇情延展鋪路。「奇異博士」問雷神為何要將威脅地球安全的洛基帶來紐約，而雷神說了一個重要原因，因為他的父親奧丁失蹤了，他也希望奇異博士幫忙尋找。
而彩蛋有另一個寓意，就是「奇異博士」也會加入「復仇者聯盟」。而未來他也會遇上選邊站的問題嗎？該選擇「美國隊長」陣營，還是「鋼鐵人」陣營？
主角班尼迪克康柏拜區接受英國 Yahoo 訪談時，他認為「奇異博士」是要在「奇異博士的隊伍」裡面（BC的回答很有趣，自己組一隊），因為「奇異博士」的工作是保衛地球不受異次元世界侵入的魔法師，他必須對抗不同時空的威脅，這些是和「復仇者聯盟」選邊無關的，所以「奇異博士」是超越這兩派的。
而《奇異博士》的導演史考特德瑞森為這個角色下一個明確的位置，「奇異博士」不是來選邊站的，而是要幫助兩邊的。而且面對異次元世界的侵襲，也只有「奇異博士」能擔任守門員的角色，來對抗威脅，保護地球。
片尾彩蛋2：莫度黑化，《奇異博士2》再現身
第二個彩蛋是延續片尾，與「奇異博士」分道揚鑣的「莫度」，原本在漫畫中，莫度就是反派，而且在史傳奇拜師古一時，就已經是反派，而《奇異博士》的電影則改為最後「莫度」的抉擇和轉變，讓這個角色更有轉折。彩蛋中，莫度執行自己認定的正義魔法規則，到劇中讓用魔法讓原本自己脊椎受傷，而能行動自如的潘柏恩那，奪殺他的魔法。
這段彩蛋，也為《奇異博士》未來的大反派莫度鋪梗，而這一段的彩蛋算是《奇異博士》未來的預告，也可看出漫威有十足信心，《奇異博士》未來也可能拍三部，成一系列的電影。
