《蝙蝠俠對超人：正義曙光》在劇情上，延續2013年《超人：鋼鐵英雄》的片尾，超人與薩德將軍對打，引發的「大都會戰役」後的18個月，超人的形象在人類的心目中產生了争議，究竟是「英雄」，還是「魔鬼」？也因為這樣的設定，超人在這部電影裡，注定要犧牲，成為一個悲劇的英雄。
超人（亨利卡維爾飾演）是難為的，「世上沒有永遠的好人」，這是超人克拉克在人類生存的體悟，他雖是良善的，但他的特殊，也可能「無意」傷害了人類，劇中的轉折，當他在無助時，再次受到養父的啟蒙，養父告訴他自己「英雄」的故事，那年洪水，家鄉讚譽他是英雄，可是另一地，他們當初沒想到水流會被引導的地方卻淹沒，養父也曾自責。
「英雄」像是每個人受到「超人」對自己受益程度的判讀，反派雷克斯（傑西艾森柏格飾演）認為，美國古老諺語，「權力可以無害」是天大的謊言，因為他本身就是要享受權力的人，他妒嫉比他能力更強大者。
蝙蝠俠（班艾佛列克飾演）也質疑「權力可以無害」，因為歷經大都會之戰，他覺得超人如果萬一走偏，將帶來極大的傷害，他對人性的善是部分存疑的，因為「罪犯像是雜草」，他必須用私刑打擊罪犯。
《蝙蝠俠對超人：正義曙光》最後超人的犧牲，使他對良善有了重新的思考，他開始相信「人類仍保有良善」，這是劇末他與神力女超人黛安娜普林斯（蓋兒加朵飾演），提及還有哪些超能力的人，這是醞釀籌組「正義聯盟」的一個起源。
超人與蝙蝠俠的個性迥異，蝙蝠俠對人性不信任，更偏陰暗面。從電影中，大都會與高譚市兩座城市的風貌設定，就可看出他們性格的差別。漫畫家法蘭克米勒（漫畫《蝙蝠俠：黑騎士再現》的作者）曾說，「大都會（Metropolis）是白天的紐約；高譚市則是夜晚的紐約」。
在《蝙蝠俠對超人：正義曙光》裡，大都會與高譚市是相鄰海灣的兩個城市，像是雙子星城，而漫畫其實都是指紐約，超人活躍在大都會，蝙蝠俠活動在高譚市，但韋恩企業不少資產在大都會，所以電影一開始延續大都會之戰，韋恩大樓的倒塌。漫畫裡曾形容蝙蝠俠非常討厭大都會，大都會的建築走的是科技未來風，高譚市走的是復古的哥德風。大都會的白天也象徵著超人的正義思維，自認光明的生活型態，高譚市的夜晚則是屬於蝙蝠俠正義的黑暗私刑。
而兩人的命運最後要走在一起，蝙蝠俠除去自己的陰影，超人要完成救贖，電影就設定「兩個母親，同一個名字」來連結。
電影開場敘述蝙蝠俠的童年安排，到電影最後可以明白為何要出現這段，雖然觀影後不少影評認為這段觀眾已知的劇情再次出現，但導演查克史奈德認為這段安排，對蝙蝠俠的心境轉折很重要，所以有了這段最後巧合出現兩個同樣叫「瑪莎」名字的母親。戲劇性的安排，不是超人自己救母親，而是蝙蝠俠去救，給蝙蝠俠有一次可以救「瑪莎」的機會，抹去自己一直無法消逝的童年陰影。
而最後結局超人犧牲，或許是他自己認為最好的解脫。超人之死，還會復活？漫畫原著也有「超人死亡」的設定，1992 年出版的漫畫《超人之死》（Death of Superman），就首次呈現超人面對末日之戰時戰死，之後衍生更多可討論的故事情節。但超人真的死了嗎？劇末已留下超人再現的伏筆，未來還有《正義聯盟》，超人當然會死而復生。
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